То что щетка изменяет цвет признак того, что ее необходимо заменить.
Возможно у вас дисбактериоз, связанный с закислением среды во рту. Рекомендуется консультация гастроэнтеролога.
Я думаю причина несколько в ином, для Вас эта щетка слишком жесткая, происходят микротравмы десневых сосочков и на четке оседают частицы гемоглобина, которые и темнеют.
Возможно у вас дисбактериоз, связанный с закислением среды во рту. Рекомендуется консультация гастроэнтеролога.